Hej. Używam Hatari UI na Lubuntu i w sumie nie ma tu żadnej filozofii. Za pomocą klawisza F12 w trakcie emulacji powinny pojawić się wszystkie najważniejsze opcje, gdzie w "Floppy disks" montujesz obraz dyskietki (testowałem i działają formaty .st, .stx, .msa). Oczywiście wsześniej należy zamontować odpowiedni dla Twoich potrzeb rom z systemem TOS i ustawić typ emulowanego Atari.
Fedora 24 - Gnome 3.xx - Karta Muz. Intergra - Pulse - Out of The Box Mint 18.1 - KDE - Karta Muz. SB Audigy - Pulse - Out of The Box Nie spotkałem distra, żeby Hatari nie działało.
Ja mam Ubuntu 16.04 - dźwięk działą bez problemów. Nawet do developerki tego używam. A nie masz Ty czegoś w mixerze poustawiane jakoś dziwnie? Bo zakładam, że inny soft generuje Ci dźwięk.