A nie możesz przed skompilowaniem sobie po prostu wyedytować pliku cc65/cfg/atari.cfg?
EDIT: powinno też zadziałać chyba jak po prostu skopiujesz sobie ten plik, wyedytujesz i potem odpalisz coś w stylu: ld65 --config ./mojeatari.cfg ....
EDIT: daj znac czy coś nie wybuchło przypadkiem :-) Przez przypadek znalazłem, może się przyda: ->link<-